ほとんどの総合病院やクリニックでは、経鼻内視鏡を含む通常内視鏡検査→生検病理検査→（がんあるいはそれを疑う生検病理結果が得られれば精密検査）といった形で、精密検査は生検病理結果が出たあとでようやく行われます。

ところが、生検病理診断は大きな病変から米粒のような粘膜組織を採取して行いますので、情報が限られています。熟練した病理医でもしばしば診断の難しいケースがあります。つまり、「がん病巣から組織を採取して検査しても必ずがんの結果が出るとは限らない」のです。一目見てそれと分るようながんもあれば、とても診断の難しいものもあります。
生検病理検査でがんの診断結果が出なくてもさらに詳しく調べていくべきかどうかの判断は、初回の内視鏡検査でどれだけ詳細に病変を観察したか否か、にかかっています。初回の内視鏡検査こそ全力で取り組むべきなのです。決して手を抜いてはなりません。敵（がん）はとてもてごわい病気です。

大腸検査をしているときに治療の必要なポリープを見つけたら、その場で摘出するようにしています。
治療を要する大腸ポリープが10個見つかれば小さなものであれば10個とも切除します。もっと多い場合は・・・？1回の検査ですべてのポリープを切除することが困難な場合は、やむを得ずがんの疑いのある大きなものから優先的に切除し、何回かに分けて小さなものまですべて切除することにしています。当院で大腸ポリープの切除を受けた方には2日間は食事制限と安静をお願いしており、7日間は禁酒して頂いています。あまり頻度は高くありませんが、大腸ポリープを切除したあとに大量に出血したり腹痛が生じたりすることがあり、緊急で処置をしなければならないことがあります。当院では大腸ポリープ切除後は２週間遠方に行かないようにお願いしています。旅行先で出血した場合、当院で処置を行うことができないからです。

大腸の進行がんは初回の大腸検査で見つかることが多いので、初回の大腸検査ではかなり注意を払っています。閉塞寸前の大腸がんが隠れているかもしれないからです。大腸内視鏡検査の準備には約2リットルの下剤を内服して大腸の中に便が残っていない状態にする必要がありますが、閉塞寸前の状態で2リットルの下剤を飲むことは大変危険です。初回の大腸内視鏡検査の前には閉塞を疑う症状（便が殆ど出ない、高齢者で肛門から出血するなど）があれば、腹部超音波検査やS状結腸内視鏡検査（浣腸を行って肛門に近い直腸やS状結腸だけを大まかに見る検査）でチェックするなど入念な準備が必要な場合があります。

消化管内視鏡検査は胃や大腸のような消化管の粘膜の色や形の変化を見て診断します。消化管に閉塞がある場合、閉塞のその先に何があるかを知ることはできません。また、粘膜の下の情報を得ることは難しいです。また、消化管の働き（蠕動や消化吸収）を知ることもできません。消化管内視鏡検査でしばしば行われる生検病理（粘膜の一部を採取して顕微鏡で調べる検査）は非常に有力な診断手段ですが、これも万能ではありません。大きな病変の中から米粒のような組織をサンプルとして採取するので診断に限界があります。がん病巣からの生検材料であってもがんの組織診断が得られない場合があり、鵜呑みにできません。
日常診療で行われるさまざまな検査にはそれぞれに守備範囲があり、長所や弱点をふまえた上でそれらの結果を総合的に判断する必要があります。